การจัดตั้งสำนักงานอ้อยและน้ำตาลมรายขึ้นในกระทรวงอุตสาหกรรมเพื่อดำเนินกิจการต่าง ๆ ในทางวิชาการตามนัยกฎหมาย สำนักงานอ้อยและน้ำตาลทรายได้รับโอนบรรดากิจการ ทรัพย์สิน หนี้สิน ลูกจ้างชั่วคราว และเงินงบประมาณโครงการศูนย์ส่งเสริมน้ำตาลทรายจากสำนักงานปลัดกระทรวงอุตสาหกรรมเป็นของสำนักงานอ้อยและน้ำตาลทราย แต่เนื่องจากพระราชบัญญัติน้ำตาลทราย พ.ศ. 2511 มิได้ระบุชัดเจนว่าให้สำนักงานอ้อยและน้ำตาลทรายมีฐานะเป็นส่วนราชการ กระทรวงอุตสาหกรรมจึงได้นำเรื่องเสนอขอให้คณะรัฐมนตรีพิจารณารับหลักการให้สำนักงานอ้อยและน้ำตาลทรายเป็นส่วนราชการในกระทรวงอุตสาหกรรม เพื่อสำนักงบประมาณจะได้พิจารณาจัดสรรงบประมาณประจำปี และขอให้ยกฐานะลูกจ้างชั่วคราว ซึ่งรับโอนมาจากศูนย์ส่งเสริมน้ำตาลทรายเป็นลูกจ้างประจำ คณะรัฐมนตรีได้ประชุมปรึกษาเมื่อวันนี้ 2 กันยายน 2512 ลงมติเห็นชอบในหลักการและอนุมัติให้สำนักงานอ้อยและน้ำตาลทรายเป็นส่วนราชการ กับให้ยกฐานะลูกจ้างชั่วคราวของสำนักงานอ้อยและน้ำตาลทรายเป็นลูกจ้างประจำด้วย สำนักงบประมาณและกระทรวงการคลังจึงได้ร่วมกันพิจารณาฐานะลูกจ้างชั่วคราวเป็นตำแหน่งลูกจ้างประจำตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2512 เป็นต้นมาในการยกฐานะลูกจ้างชั่วคราวเป็นลูกจ้างประจำของสำนักงานอ้อยและน้ำตาลทรายในครั้งนี้ สำนักงบประมาณของกระทรวงการคลังได้พิจารณาแยกประเภทตำแหน่งลูกจ้างประจำของสำนักงานอ้อยและน้ำตาลทรายออกเป็น 2 ประเภท คือ

1. ลูกจ้างประจำที่มีลักษณะงานเป็นลูกจ้าง คือตำแหน่งผู้ช่วยเครื่องยนต์ พนักงานขับรถฟาร์มแทรคเตอร์ พนักงานขับขับรถยนต์ นักการภารโรง ยาม คนงาน
2. ลูกจ้างประจำที่มีลักษณะงานเป็นข้าราชการ เช่น ตำแหน่งนักวิชาการต่าง ๆ ที่มีคุณวุฒิซึ่งต่อไปเมื่อสำนักงานอ้อยและน้ำตาลทรายเป็นส่วนราชการอย่างถูกต้องตามพระราชบัญญัติปรับปรับกระทรวงทบวงกรมและตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวงทบวงกรมและตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการแล้ว ตำแหน่งต่าง ๆ ของลูกจ้างประจำตามลักษณะงานนี้ก็จะได้พิจารณาขอปรับฐานะเป็นข้าราชการพลเรือนกับส่วนราชการอื่น ๆ อย่างไรก็ดี ในระหว่างที่รอการปรับปรุงเป็นส่วนราชการที่ถูกต้องตามกฎหมายอยู่นี้จึงต้องเป็นลูกจ้างประจำไปก่อน ดังนั้น สำนักงบประมาณกระทรวงการคลัง และสำนักงานอ้อยและน้ำตาลทราย จึงได้ร่วมกันพิจารณากำหนดตำแหน่ง อัตราจ้าง เงื่อนไขการจ้าง การบรรจุ ตลอดจนวิธีการเลื่อนขั้นค่าจ้างของลูกจ้างประจำโดยอนุโลมตามพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการพลเรือน กฎ ก.พ. และตามระเบียบวิธีการปฏิบัติราชการต่าง ๆ ของข้าราชการทุกประการ ทั้งนี้เพื่อให้เป็นบรรทัดฐานสำหรับการพิจารณาเปลี่ยนแปลงและปรับปรุงฐานะลูกจ้างประจำประเภทนี้เข้าสู่ระบบราชการต่อไปในอนาคต

ต่อมา เมื่อเดือนสิงหาคม 2515 คณะกรรมการที่ปรึกษาระเบียบบริหารของหัวหน้าคณะปฏิวัติฐานะเจ้าหน้าที่ของสำนักงานอ้อยและน้ำตาลทรายนั้น ประธานคณะกรรมการที่ปรึกษาระเบียบบริหารฯ ได้มอบให้กระทรวงอุตสาหกรรมหรือกับสำนักงาน ก.พ. ต่อไป เมื่อมีประกาศของคณะปฏิวัติ ฉบับที่ 276 ลงวันที่ 17 พฤศจิกายน 2515 ให้แบ่งส่วนราชการ สำนักงานปลัดกระทรวงอุตสาหกรรม โดยมีสำนักงานปลัดกระทรวงอุตสาหกรรม โดยมี สำนักงานอ้อยและน้ำตาลทรายเป็นส่วนราชการมีฐานะเท่ากับกองตามที่กล่าวมาแล้ว ได้มีการปรึกษาหารือระหว่างกระทรวงอุตสาหกรรมกับสำนักงาน ก.พ. ในระดับเจ้าหน้าที่เกี่ยวกับปัญหาเรื่องที่จะปรับฐานะลูกจ้างประจำของสำนักงานอ้อยและน้ำตาลทรายเป็นข้าราชการ แต่ยังไม่เป็นที่ตกลงในหลักการ จนกระทั่งตั้งแต่ปีงบประมาณ 2521 เป็นต้นมา สำนักงาน ก.พ. จึงได้อนุมัติอัตราข้าราชการให้แก่สำนักงานอ้อยและน้ำตาลทราย รวมจำนวน 91 อัตรา ซึ่งกำหนดให้เป็นตำแหน่งทดแทนลูกจ้างประจำ 87 อัตรา ส่วนเจ้าหน้าที่ของสำนักงานอ้อยและน้ำตาลทรายปัจจุบันจำนวน 183 อัตรา ก็ยังคงมีฐานะเป็นลูกจ้างประจำทั้งสิ้น